प्राधिकरणाला योजना शीर्षाच्या अंतर्गत अंदाजपत्रक देण्यात आले आहे, जे जागतिक बँकेच्या (वर्ल्ड बँकेच्या) महाराष्ट्र जल क्षेत्र सुधारणा प्रकल्पांतर्गत परतफेड करण्यायोग्य आहे. राज्य सरकारने २००७-२००८ पासून प्राधिकरणाला योजनेतर निधीदेखील पुरविला आहे. योजना व योजनेतर शीर्षाच्या अंतर्गत वर्ष निहाय प्रत्यक्ष खर्च खालीलप्रमाणे आहे: (लाखात)