या शतकाच्या सुरूवातीस, राज्याला जलक्षेत्रात खालील समस्यांचा सामना करावा लागला: २१ व्या शतकातील आव्हानांची पूर्तता करण्यासाठी या समस्यांमुळे जलसंपत्ती विकास आणि व्यवस्थापन या दृष्टिकोनात आमूलाग्र बदल आवश्यक आहे.

अशी गरज लक्षात घेऊन, राज्य सरकारने      बऱ्याच प्रशासकीय आणि कायदेशीर सुधारणा सुरू केल्या ज्या मोठ्या प्रमाणावर ‘जलक्षेत्र सुधारणा’ म्हणून ओळखल्या जातात. यात सर्वसमावेशक राज्य जल धोरण २००३ ची मांडणी करणे,  २८६ (मोठे, मध्यम व लघू)  सिंचन प्रकल्पांचे पुनर्वसन करण्यासाठी जल क्षेत्र सुधार प्रकल्प राबवणे आणि मार्च २००५ मध्ये, महाराष्ट्र सिंचन पद्धतींचे शेतक-यांकडून व्यवस्थापन

(एमएमआयएसएफ) अधिनियम आणि महाराष्ट्र जलसंपत्ती नियमन प्राधिकरण (एमडब्ल्यूआरआरए) अधिनियम या दोन कायद्यांची अंमलबजावणी करणे यांचा समावेश आहे.

जल क्षेत्र सुधारणांचे प्राथमिक तत्वज्ञान म्हणजे विकासाचे एकक म्हणून नदी खोऱ्याच्या संदर्भात ‘एकात्मिक बहु-क्षेत्रीय दृष्टीकोन’ स्वीकारणे. सुधारणांची अंमलबजावणी करतांना, जलसंपत्ती विकास आणि व्यवस्थापनाच्या विविध बाबींमध्ये भागधारक आणि वापरकर्त्याच्या सहभागाचे सिद्धांत, जसे की, हक्कांचे निर्धारण, जल शुल्क निश्चित करणे आणि राज्य जल आराखडा तयार करणे या पद्धतींचा अवलंब केला जात आहे.  महाराष्ट्र सिंचन पद्धतींचे शेतक-यांकडून व्यवस्थापन (एमएमआयएसएफ) अधिनियम जल वापरकर्ता संघटनेला प्रामुख्याने प्राथमिक सिंचन कार्यक्रम तयार करणे, सदस्यांना हक्कांचे वितरण करणे आणि त्यांची अंमलबजावणी करणे आणि त्यांच्या कार्यक्षेत्रात सहभाग घेण्याच्या दृष्टिकोनातून पाण्याचे शुल्क वसूल करणे, यासारखे कार्ये करण्यास अधिकार देते. हक्कांचे निर्धारण, अंमलबजावणी आणि विवादांचे निराकरण आणि जल शुल्काचे निर्धारण या संदर्भात, महाराष्ट्र जलसंपत्ती नियमन प्राधिकरण (एमडब्ल्यूआरआरए) सेवा पुरवठादार आणि जल वापरकर्ता घटकांमधील तसेच जल वापरकर्ता घटक यांच्यातील संबंधांवर देखरेख ठेवण्यासाठी, नियामक यंत्रणा स्थापित करते.

महाराष्ट्र जलसंपत्ती नियमन प्राधिकरणाची (एमडब्ल्यूआरआरए) स्थापना ऑगस्ट २००५ मध्ये झाली आणि २००६ च्या मध्यापासून ते कार्यरत झाले. हे कार्यालय मुंबईतील कफ परेड येथील वर्ल्ड ट्रेड सेंटर इमारतीच्या ९ व्या मजल्यावर आहे.