महाराष्ट्र जलसंपत्ती नियमन प्राधिकरण (एमडब्ल्यूआरआरए) अधिनियमाच्या कलम ११ ते १३, प्रकरण III मध्ये, प्राधिकरणाचे अधिकार, कार्ये आणि कर्तव्ये सूचीबद्ध आहेत. प्राधिकरणाची तीन मुख्य कार्ये खालीलप्रमाणे आहे: 

• वापरांच्या विविध श्रेणींसाठी आणि वापरांच्या प्रत्येक श्रेणीमध्ये हक्कांच्या वितरणासाठी निकष निश्चित करणे, हक्कांच्या  वितरणांचे नियमन करणे  आणि ते अंमलात आणणे.
• अशा वापरकर्त्यांना सेवा पुरवण्याचे एक स्थिर आणि स्वयं टिकाव व्यवस्थापन स्थापित करण्याच्या दृष्टिकोनातून विविध श्रेणीच्या पाणी वापरकर्त्यांवर जल शुल्क आकारण्यासाठी जल दर प्रणाली स्थापित करणे.
• एकात्मिक राज्य जल योजना (आयएसडब्ल्यूपी) च्या अनुषंगाने हा प्रकल्प प्रस्ताव आहे की नाही हे सुनिश्चित करण्याच्या दृष्टीने, जलसंपत्ती प्रकल्पांचा आढावा घेणे आणि ते स्पष्ट करणे. 

पाण्याच्या गुणवत्ता वाढीसाठी आणि संवर्धनासाठी पाठिंबा आणि मदत करणे तसेच निकोप जलसंधारण आणि व्यवस्थापन पद्धतींना प्रोत्साहन देणे देखील प्राधिकरणाला आवश्यक आहे.

राज्यपालांच्या निर्देशांनुसार जिल्ह्यातील व प्रदेशातील सिंचन अनुशेष असलेले प्रकल्प स्पष्ट करण्याबाबत महाराष्ट्र जलसंपत्ती नियमन प्राधिकरण (एमडब्ल्यूआरआरए) अधिनियमाच्या कलम ११ (एफ) आणि २१ अंतर्गत प्राधिकरणाला विशेष जबाबदारी सोपविण्यात आली आहे.

प्राधिकरणाला टंचाईच्या कालावधीत पाण्याचे न्याय्य वितरण सुनिश्चित करणे आवश्यक आहे (कलम ११ (सी), महाराष्ट्र जलसंपत्ती नियमन प्राधिकरण (एमडब्ल्यूआरआरए) अधिनियम).